MTsN 1 Jember awalnya berdiri sebagai Madrasah Tsanawiyah Institut Agama Islam Negeri Jember (MTsIAIN Jember) pada 1 Februari 1969 atas pendirian Yayasan Pembina IAIN Jember.
Madrasah ini kemudian mengalami beberapa perubahan nama dan status, seperti menjadi MMPN I Jember, kembali ke MTsAIN, hingga akhirnya menjadi MTs Negeri 1 Jember sesuai keputusan Kementerian Agama Republik Indonesia dan penataan kelembagaan pendidikan madrasah di Indonesia.
Pada tahun 1984, MTsN 1 Jember pindah dari lokasi awal ke tanah milik H. Saleh Sarpan di Kelurahan Tegal Besar, Kaliwates, yang dipakai hingga kini sebagai lokasi madrasah.
Meskipun riwayat resmi tanggal berdirinya perpustakaan tidak dipublikasikan secara terpisah di sumber sejarah yang tersedia, perpustakaan MTsN 1 Jember berkembang seiring dengan perkembangan madrasah sebagai pusat pendidikan. Unit perpustakaan sekolah biasanya dibentuk sebagai bagian dari layanan pendidikan untuk mendukung kegiatan belajar-mengajar, literasi siswa, dan pengayaan materi pelajaran.
Perpustakaan MTsN 1 Jember telah berprestasi dengan meraih juara tingkat Kabupaten Jember pada tahun 2024 setelah melalui seleksi dan penilaian yang ketat, menunjukkan komitmen madrasah dalam pengelolaan literasi dan layanan perpustakaan yang baik.
====